Futuristica città costruita nella prefettura di Kanagawa, nei pressi del lago Ashino ai piedi del monte Hakone. Dopo la distruzione della vecchia Tokyo nel tremendo "Second Impact" è state creata prima una città di Tokyo-2, quindi avviata l'edificazione di quella che dovrebbe essere" la roccaforte del genere umano". I palazzi atti ad ospitare civili di Tokyo-3, infatti, possono ritrarsi nel sottosuolo trasformandosi virtualmente in rifugi. Molti grattaceli, inoltre, sono in realtà edifici fasulli, che nascondono armi, appoggi o uscite per gli Eva, oppure postazioni missilistiche indipendenti dedicate ad azioni diversive.

Angeli

I nemici dell'umanità. Di provenienza sconosciuta, sono esseri organici la cui struttura microscopica è al contempo di natura particellare e ondulatoria, come per la luce. Il loro corredo genetico e tuttavia simile al 99.89% a quello dell'uomo. Gli angeli possono aver le forme più svariate, da quelle vagamente antropomorfe a quelle di un solido geometrico, e dimensioni ugualmente variabili, da quelle di un gigante a quelle di pochi micron. Molti Angeli sono dotati di una sfera rossa che sembra essere la loro fonte di energia e punto debole, ma non si tratta di una caratteristica comune a tutta la specie. Universale, invece, è la capacità di generare un AT-Field analogo a quello degli Eva, ma di potenza molto superiore, e di rigenerare i propri tessuti.

Agenzia segreta formalmente alle dirette dipendenze dell'ONU. In realtà dietro a questa organizzazione c'è il misterioso "Comitato per la strumentalità dell'uomo". La più importante divisione della Nerv, quella Giapponese, è comandata da Gendo Ikari ed ha sede in un gigantesco Geo-Front nel sottosuolo di Tokyo-3. I principali programmi portati avanti dalla Nerv sono il Progetto Evangelion, il Progetto Adam e il Progetto per la strumentalità dell'uomo, che costituiscono tre grandi interrogativi della serie.

Evangelion

Macchina da combattimento umanoide sviluppata dalla Nerv per contrastare gli Angeli. Pur avendo una componente organica, gli EVA sono fondamentalmente "robot" e questo fa si che necessitino di alimentazione, generalmente fornita da un apposito cavo connesso alla schiena, denominato "Umbilical Cable". In mancanza di alimentazione esterna, gli Eva possono comunque utilizzare le loro batterie interne, che assicurano cinque minuti di autonomia e basso regime oppure un solo minuto a piena potenza. Gli Eva hanno ottime possibilità di movimento e possono utilizzare armi di vario tipo, da fuoco o da punta, appositamente dedicate. Sono inoltre in grado di rigenerare i tessuti organici danneggiati e di generare uno scudo protettivo denominato AT-Field (Absolute Terror Field). Il loro pilota viene inserito in una capsula chiamata Entry Plug, poi alloggiata nella spina dorsale dell'Eva. Da qui, anche grazie ad un apposito liquido denominato LCL (Link connect Liquid), che favorisce l'interfaccia cerebrale, il pilota deve sincronizzare il proprio sistema nervoso con quello dell'umanoide.