Direttrice del primo reparto di Elaborazione Strategica della Nerv, il capitano Katsuragi si occupa di studiare e dirigere le battaglie contro gli Angeli. Apparentemente una ragazza sempre allegra e cordiale, Misato vive talvolta momenti di improvvisa e profonda depressione: nel suo passato si nasconde infatti un tremendo segreto... l'aver vissuto in prima person il Second Impact. Misato è infatti l'unica sopravvissuta tra coloro che si trovavano in Antartide al momento del disastro, e una vistosa cicatrice in mezzo al seno glielo ricorda ogni giorno. La convivenza con Shinji la porterà ad una profonda responsabilizzazione e messa in discussione di se stessa. Nonostante la sua posizione all'interno della gerarchia della Nerv, Misato resta comunque all'oscuro dei grandi segreti degli Eva e degli Angeli.

Direttrice del progetto Evangelion, Ristuko è un amica di vecchia data di Misato, con la quale ha sempre avuto, sin dai tempi dell'università, uno strano rapporto giocato al confine tra l'ammirazione e l'invidia. Dietro una facciata di gelida scienziata senza scrupoli, Ritsuko cela infatti un animo molto più umano di quello che si potrebbe pensare. Forse proprio per questo i grandi segreti della Nerv, dei quali è perfettamente al corrente, iniziano a pesare troppo sulla sua coscienza.

Ex-ragazzo di Misato Katsuragi, Kaji è attualmente un diretto dipendente di Gendo Ikari, segretamente incaricato della gestione dei servizi segreti della Nerv. E' tornato in Giappone dopo un lungo soggiorno in Germania e in America, dove ha seguito l'allenamento di Asuka Langley, diventandone tutore legale e "principe azzurro". Anche se vorrebbe far credere il contrario, soprattutto a Misato, conosce molte più verità di quanto si potrebbe immaginare...

Anziano vice-comandante della Nerv, Fuyutsuki conosce Gendo da lungo tempo e sembra avere con lui uno strano rapporto di complicità e pacata ammirazione.

Presidente del "comitato per la strumentalità dell'uomo", è forse il burattinaio che muove le fila della Nerv fin dai tempi del Second Impact.

Esemplare di una nuova razza di pinguino, detta "delle sorgenti termali", Pen Pen è il bizzarro animale domestico di MIsato. Vive in un apposito frigorifero e sembra essere dotato di una razionalità quasi umana.

Pilota di Eva-01 (e denominato per questo "Third Children"), è il vero protagonista della serie.Orfano di madre fin dalla più tenera età, Shinji è cresciuto con i suoi nonni poiché suo padre Gendo non ha mai ritenuto opportuno sottrarre tempo al suo lavoro per dedicarsi al figlio. Schivo e poco socievole, Shinji vive nell'inconscio tentativo di guadagnarsi la stima e l'affetto altrui, sebbene sia convinto di non avere bisogno di nessun altro al di fuori di se stesso. Il suo straordinario talento nel pilotare gli Eva sembra però avergli fornito un modo giusto per ottenere l'approvazione delle persone che lo circondando, in special modo quella del padre, con cui vive un rapporto molto conflittuale. La sua indole tranquilla, tuttavia, renderà per lui ogni battaglia un vero e proprio incubo, fino a sfiorare la follia. Dopo il suo trasferimento forzato a Tokyo-3, Shinji è stato affidato al capitano Misato Katsuragi, e viene alloggiato nel suo appartamento di periferia.

Pilota designata del prototipo Eva-00, Rei Ayanami, il "First Children", è cresciuta in seno alla Nerv, seguendo lo sviluppo degli Evangelion fin dai primissimi esperimenti. Tutti i file riguardanti questa ragazza sono stati cancellati, quindi qualsiasi informazione, dalla sua famiglia alla sua data di nascita, è sconosciuta. Taciturna e introversa fino all'inverosimile, Rei non parla mai se non c'é assoluto bisogno di comunicare qualcosa, e comunque quello che dice non la riguarda in nessun caso. Spesso sembra quasi non provare emozioni umane. Vive da sola in uno squallido mini-appartamento situato nel bel mezzo di un cantiere e anche a scuola non avvicina mai nessuno. L'unica persona con la quale sembra aprirsi è l'altrettanto misterioso comandante della Nerv, Gendo Ikari.

Pilota designata di Eva-02. Per tre quarti tedesca, per un quarto giapponese, con una lungo periodo vissuto in America alle spalle, Asuka Langley (il "Second Children") è l'esatto contrario di Shinji. Orgogliosa e esibizionista, Asuka ritiene un privilegio poter pilotare un Evangelion. Le battaglie con gli Angeli sono per lei una sorta di spettacolo, ottima occasione per mostrare al mondo intero la sua straordinaria abilità. A causa di questa sua spasmodica voglia di primeggiare, Asuka stringe un rapporto molto competitivo sia con Shinji che con Rei. Anche lei, benché sotto la custodia legale di Ryoji Kaji (per il quale ha una tipica cotta adolescenziale), verrà trasferita a casa del capitano Katsuragi, e si troverà a vivere spalla a spalla con Shinji.

Comandante supremo della Nerv, Gendo Ikari è un uomo spregiudicato e risoluto. Il suo passato è avvolto dal mistero. I veri intenti di Gendo sono ugualmente misteriosi, e, sebbene egli sia teoricamente alle dipendenze del "Comitato per la strumentalità dell'uomo" presieduto da Kiele Lorentz, è difficile immaginare a cosa miri in realtà. L'unica persona con la quale sembra mostrare una minima umanità è Rei Ayanami, mentre con il suo secondo in comando, Kozo Fuyitsuki, pare avere uno strano rapporto di complicità.